Der Rosenheimer Bürger Martin Papin wollte, dass in seiner Stadt ein Kapuzinerkloster errichtet wird. Vom Herzog Maximilian I. erhielt er dafür 1604 die Erlaubnis und zugleich den Rat, die Planung den Kapuzinern zu überlassen. Am 4. Mai 1606 kamen dreizehn Patres, die den Grundstein legten. Der Stifter Papin erlebte die Fertigstellung der Gründung nicht mehr. Am 14. Oktober 1607 erhielt die Kirche die Weihe durch den Weihbischof Bartholomäus Scholl von Freising. Der Herzog und seine Gemahlin waren dazu angereist. Die neue Klosterniederlassung zählte 27 Zellen, vier Gastzimmer und eine Armensstube. Anfangs war dort auch das Noviziat für die Bayerische Provinz angesiedelt, zugleich waren acht Theologiestudenten dort untergebracht.

Gefragt waren die Kapuziner als Beichtväter, als Prediger und Krankenkuraten. Unvergessen blieb ihr Einsatz während der Pest von 1634, von 1686 und 1704.

Im Dreißigjährigen Krieg kamen zwei schwedische Reiterhaufen nach Rosenheim, plünderten und überfielen Frauen und töteten mehrere Bürger. Pater Franz eilte damals nach Mühldorf und erbat sich von General Wrangel einen Schutzbrief. Darin verbot er unter Androhung strengster Strafen die Stadt Rosenheim durch Plünderung, Brand oder Gewalttaten künftig zu ängstigen. Der Westfälische Frieden sorgte dafür, dass wieder Ruhe einkehrte.

Neuen Schrecken bracht der Spanische Erbfolgekrieg. Am 19. Juli 1704 reiste Pater Elzear zu einer Gratulation zum Bischof von Chiemsee. Als er von der heraufziehenden Gefahr erfuhr, eilte er sofort nach Rosenheim zurück und alarmierte die Bevölkerung. Die Bürger brachten es fertig, das Kriegsheer abzuschrecken. Sie wagten keinen Angriff.

1740 beim österreichischen Erbfolgekrieg konnte Pater Romedius den Hauptmann von Schlangen dazu bewegen, von einer geplanten Einäscherung Rosenheims abzusehen. Als am 13. August 1749 der bescheidene Klosterbau in Rosenheim ein Raub der Flammen wurde, trugen die Bürger wesentlich dazu bei, dass es wieder zum Aufbau kam.

1802 begann von Seiten des Staates die Aufhebung der meisten Klöster. Den Priestern wurde angeboten, den Orden zu verlassen, die Laienbrüder wurden zum "Absterben" an Abteien verwiesen. Die große Zahl der Übriggebliebenen wurden in Zentralklöster abkommandiert. Die Ordensbrüder wurden als "entbehrlich" eingestuft. Von München kamen Kapuziner nach Rosenheim. Im Sommer 1803 lebten 43 "Individuen" im bescheidenen Bau. Kurzfristig wurde der Befehl gegeben, dass alle zum 1. November 1803 in Altötting sein müssten. Viele glaubten an ein gutes Werk, als der bayerische Staat die Klöster aufhob. Die geringe Hinterlassenschaft wurde versteigert. Das Kloster und die Kirche wurden als Salinengebäude verwendet. Die Totengebeine wurden bei der Sebastianikapelle beigesetzt.

Am 21. Juli 1852 bat der Rosenheimer Pfarrer Rubenbauer den Kapuzinerprovinzial in der Stadt wieder eine Niederlassung zu gründen. Am 9. Oktober 1854 begann der Bau des Klosters bei der Sebastianikapelle. Im Oktober 1856 konnten die Ordensmitglieder in das neue Kloster einziehen.

Im Jahr 1888 kam es zur Erweiterung der kleinen Sebastianikapelle. Drei Jahre später, 1891, kam Erzbischof von Thoma, um das Heiligtum zu konsekrieren. Für lange Zeit diente die Kapuzinerkirche zum Gottesdienst für die zahlreichen Schulen der Stadt. Von Seiten des Ordens ging durch alle Jahrzehnte von St. Sebastian eine beachtenswerte Seelsorgstätigkeit aus.

P. Karl Kleiner

1986 kamen Klarissen - Kapuzinerinnen aus Südafrika nach Rosenheim. Zu diesem Zweck mußte das Kloster umgebaut werden. Die Kirche wurde zu einer Anbetungskirche umgestaltet.

Für ein kleines Kapuzinerkloster wurde der Osttrakt des Gebäudes eingerichtet. Die Klosterkirche wurde 1997 grundlegend saniert.